Francesco nacque l’anno 1567 nel castello di Sales, diocesi di Ginevra, da Francesco, conte di Sales, e da Francesca di Sionas.
Fin dai primi anni mostrò spiccata inclinazione al bene, e una grande docilità.Fece i suoi primi studi ad Annecy, e di qui fu mandato a Parigi. Qui studiò retorica, filosofia e teologia presso i PP. Gesuiti. La sua vita era ritirata: frequentava la chiesa e i Sacramenti; fin d’allora fece il voto di castità.Compiuti gli studi a Parigi, fu dal padre mandato a Padova per addottorarsi in legge. Quivi Francesco fu esposto a grandi pericoli, cui scampò felicemente con la sua forte volontà e l’aiuto di Dio in cui sempre confidava.
Il padre di Francesco aveva pensato di fare del suo figlio uno dei più stimati gentiluomini della società e gli aveva già ottenuto un posto distinto nel senato di Chambery, mentre gli andava preparando un ricco partito. Francesco invece era chiamato a ben altro, e svelò ogni cosa al suo precettore, incaricandolo di farne consapevole il padre. Molti furono gli ostacoli che i genitori gli opposero, ma vedendolo fermo nel suo proposito acconsentirono alla volontà di Dio.Fatto Sacerdote, il Vescovo di Ginevra lo delegò a combattere l’eresia di Calvino, che infestava tutto il Chiablese. Il nostro Santo ebbe da faticare e soffrire molto per quegli eretici, e corse pericolo più volte di essere assassinato, ma la sua grande dolcezza, unita ad uno zelo instancabile e ad una pietà esemplare, vinse i più ostinati calvinisti tanto da convertirne, dicono, 72 mila. Morto il vescovo di Ginevra Mons. Granier, Francesco fu eletto a succedergli.